Inden J.C. Blom blev kommandant på Bornholm, havde han allerede gennemført en lang og alsidig militær karriere. Han deltog i Treårskrigen 1848–1850 som officer ved 4. bataljon og var med i slagene ved Bov og Slesvig.

Senere gjorde han tjeneste som adjudant hos oberst Christian Lunding, kommandanten i Fredericia, og rykkede året efter i felten som halvbatterikommandør, inden han blev kompagnichef ved 3. reservebataljon.

Under krigen i 1864 blev han udnævnt til stabschef ved 1. Division, som deltog i forsvaret af både Dybbøl og Als.

I juli samme år fulgte han general Steinmann til overkommandoen og fortsatte derefter som stabschef ved 2. Generalkommando. I 1867 blev han udsendt til tjeneste ved den franske hær i Algier, hvor han blev tilknyttet marskal Patrice Mac-Mahons stab – en almindelig form for videreuddannelse for danske officerer på den tid.